石柱镇清代属合德乡及武平乡的部分地。

1956年9月石柱,江瑶,下杨,俞溪头四个乡属石柱镇；1958年9月石柱改称为跃进公社（后改八一公社），下辖新楼,舟山,前仓,新店,石柱,俞溪头管理；1959年3月，石柱公社分设为新新公社和石柱公社。

1961年调整公社规模，本地分属石柱的石柱公社,俞溪头公社；1984年改称为石柱乡,俞溪头乡；1985年石柱乡改为石柱镇：1992年撤,扩,并，俞溪头乡并入石柱镇。

2001年7月划调整后，与舟山,前仓,新店等乡镇并入重新设置石柱镇；2006年5月全市域再度调整，由原石柱管理处和新店管理处的部分组建石柱镇，名称沿用至今。