南宋咸淳间（1265～1274）属临安县天目乡，明代仍之，清乾隆二十四年（1759）黄溪,南章,门坞属天目一图，龙溪属辰隆一图。

民国初属金永乡，民国17年（1928）属金永，民国24年（1935）属青云乡，民国30年（1941）属天目乡至解放。

1950年为天源乡龙溪村，1954年为南庄,龙溪,横溪低级社，1955年为横溪高级社，1958年为天目山公社南庄,龙溪,横溪生产队，1961年为东天目公社南庄,龙溪,横溪生产大队，1984年为东天目乡南庄,龙溪,横溪村，2001年属太湖源镇。

2007年村规模调整，三村合并为南庄村，辖10个自然村。

获评杭州市级文明村和2010年临安市“绿色家园,富丽山村”建设精品村。