相传上古舜帝曾避丹朱难于石堰虞山。

唐,宋,元,明,清属龙泉乡。

806-866年(唐元和至咸通年间)余姚置盐场于石堰，976-984年(北宋太平兴国年间)，改称石堰买纳场，设场署于石堰，故村中有大街里三和里等古代村巷遗址。

1916年(民国五年)余姚县盐场公署由石堰迁至庵东，石堰盐场终止。

民国29年（1940）至解放初属余姚县龙北,高风2乡。

1950年4月为石堰乡一村,二村,三村和高风乡六村。

实战型人民共和国成立之后，石堰曾是石堰乡政府驻地，1956年2月并属横河乡。

1959年2月属石堰管理。

1961年11月为石堰公社石堰,永福,王梁,堰南,翁郎桥大队。

1966年12月永福,堰南（与翁家桥大队合并）大队分别改名为红旗,先锋大队。

1979年9月划归慈溪县。

1981年7月红旗,先锋大队分别复名为永福,堰南大队。

1983年9月为石堰乡石堰,永福,王梁,堰南村。

1992年5月并属横河镇。

2001年2月村规模调整，4村合并为石堰村。