元至元十二年（1275年），为广南西路宣抚司治所。

明洪武十五年（1382年），改设府署，十九年（1386年）开始建城池，府城建在平关坡上，设西南二门。

明朝,清朝时期，莲城镇境域为广南府,宝宁县。

民国时期，废府改广南县后的治所，维新乡合建为城人民政府。

1940年，称启明镇。

1949年，改称莲花。

1951年，城人民政府改为第一公所。

1956年，称莲峰。

1958年11月，撤销乡建制，建立莲峰公社（城关镇并入，旧莫分出）。

1961年，称莲峰，同年将城5条街分出建立县辖城关镇。

1971年，分出建立那伦公社。

1984年，改。

1988年1月，莲峰与莲城镇合并为莲城镇。

2006年4月，那伦乡并入莲城镇。