清嘉庆十四年（1809年），从西乡县划归定远厅辖，设东乡归仁里蜡溪地。

民国三年（1914年），设置镇巴县东纳溪村。

民国二十五年（1936年），设纳溪联保1,2,3,4,5,6保。

民国二十九年（1940年），设纳溪乡1,2,3保。

1950年，设纳溪碾子垭乡和黄汜垭乡。

1950年5月，并入观音。

1955年5月，设碾子碾子,三官,仁寿,上坝,后河乡。

1956年5月，合并为碾子垭公社。

1961年，设碾子垭公社三官,上坝,后河管理。

1963年9月，更名碾子公所三官,新庙,后河公社。

1966年12月，更名东风东风,新生,后河公社。

1971年2月，恢复为碾子所辖东风,新生,后河公社。

1980年，碾子公所驻地迁今址。

1981年1月，东风公社更名为碾子公社。

1984年5月，改设为碾子公所,碾子,新庙,后河乡。

1996年5月，将三乡合并为碾子镇。