以南宋乾道八年（1172）内捍海塘修筑为标志，祝桥镇境域渐次成陆，百姓逐渐移居，祝桥地隶属松江府上海县。

明隆庆二年（1568），松江府清丈土地，分团编甲，造业户鱼鳞册，今祝桥地始有五团之名，当时的祝桥境域隶于下砂盐场，仅有团灶机构而无行政建置。

民国23年（1934），南汇县合并治，原五团乡境域隶属于南汇县第二。

至1936年，祝桥集镇市场繁荣，成为南汇县第五大镇。

民国36年（1947）春，恢复五团乡建置。

1949年5月五团乡（祝桥地）解放，成立苏南行政公署松江专南汇县人民政府，祝桥,盐仓,东海地隶属祝桥管辖。

1958年9月成立东方红人民公社，祝桥,盐仓,东海地属东方红人民公社。

1962年3月从盐仓人民公社划出10个生产大队,祝桥人民公社划出3个生产大队，成立东海人民公社。

1984年2月实行政社分设，建立祝桥乡,盐仓乡,东海乡。

1994年9月，撤乡建镇，改名祝桥镇，实现镇管村体制。

2003年撤销原祝桥镇,盐仓镇,东海镇建制，建立新的祝桥镇。

2006年12月朝阳农场并入祝桥镇。

2011年施湾,江镇从川沙新镇划归祝桥镇。