古名璜溪，宋代起逐渐形成集镇，清初属华亭县，顺治十三年（1656）为娄县境，雍正四年（1726）隶金山县，属胥浦乡四保,五保，1913年建吕巷乡，（1929年设吕巷，1948年改为镇建制，1949年解放后设吕巷，1957年撤析为廊下,吕巷两乡，1958年改为吕巷人民公社，1984年恢复乡建制，1986年改为县属镇建制，为吕巷镇。

1997年金山县撤县建，吕巷镇属金山。

2005年原干巷,吕巷两镇撤并成立新的吕巷镇，名称使用至今。