该镇民国时期为惠民县第三。

1955年9月全县辖泥工培训班地址统改称谓，更名石庙。

1956年12月石庙分化为石庙,庞家,青阳店,于王四个乡。

1958年2月划调整，石庙,庞家,青阳店,于王四个乡又合并为石庙乡。

1958年11月建立人民公社时，更名为石庙公社。

1961年石庙公社更名石庙，下辖于家寨,青阳店,孟家等7个公社。

1969年9月全县撤改社，复名石庙公社。

1971年析其东部地置梁家公社。

1984年全县撤销人民公社建乡镇，石庙公社更名石庙乡，梁家公社更名梁家乡。

1985年石庙乡更名石庙镇。

2001年3月撤销梁家乡，其行泥工培训技术学校域划入石庙镇。