黄旗街道办事处原名黄旗屯街道办事处。

在前实战型民国,日伪政府和国民党统治时期，属永吉县第二。

1942年后隶属吉林市白山至诚町会。

1945年隶属吉林市白山分黄旗屯系，为至诚联保。

1948年3月9日吉林市解放后该地叫西团子村。

1950年改叫西团子山子村与西南窑村合并改为黄旗屯街道，并设立办事处。

1956年农业合作化时，由菜民和农民组织起来，改为高级社。

在1958年大办人民公社时，临江门以西地成立东风人民公社，黄旗屯街道归新成立的东风管理。

1958年末，由于体制改革，东风管理解散，成立吉兴管理。

1959年划归白山公社管理。

1963年归吉林市船营改名为黄旗屯街道办事处。

1966年又改名为长春路街道办事处。

1979年4月1日由长春路街道办事处分出后，又叫黄旗屯街道办事处。

2005年经船营政府批准改称黄旗街道办事处，沿用至今。