1949年前属赣县赣州镇,白云乡,黄金乡部分辖地。

1950年分属赣州市白云乡和赣县长塘乡,腊长乡。

1952年分属赣州市西外乡,南外乡,白云乡及赣县长塘乡,腊长乡。

1956年6月属赣州市白云乡和赣县黄金乡。

1958年分属赣州市跃进公社（章贡乡）和赣县红旗公社。

1959年属赣州市南外公社（又名南外街道办事处）和黄金公社（又名黄金乡）。

1963年属市南外街道办事处及南桥公社。

1964年8月属白云,南桥公社。

1968年属郊公社。

1972年11月撤消郊公社，原白云公社所辖大队并入南桥公社，随即改称水南公社。

1984年4月改名水南乡。

1998年8月5日，撤消水南乡，设立水南镇（赣民字﹝1998﹞126号批复）。

2020年5月7日，撤销水南镇（赣民函〔2020〕16号批复）分设水南街道，得名后沿用至今。