1949年前，为赣县水东乡及七鲤乡一部分。

1950年5月划属赣州市，设置水东乡,七鲤乡，属郊。

1951年10月属第六，12月属郊。

1952年4月撤销建置后，分设水东,虎岗,沿垇,七鲤四乡。

1953年8月属第三。

1956年1月改为水东办事处，仍辖水东,虎岗,沿垇,七鲤四乡；同年6月，撤办事处，隶属农林水利局。

1957年5月四乡并为水东,七鲤两乡，属郊。

1958年10月属章贡乡，同年11月成立跃进公社，与章贡乡政社合一。

1959年10月改名水东公社（又名水东乡，1966年撤销乡名称）。

1968年11月与水西,白云,南桥公社合并，名郊公社。

1972年11月撤郊公社，恢复水东公社。

1984年4月改为水东乡。

1993年11月27日，改水东乡为水东镇，得名后沿用至今。