巴山镇现址为县署所在地始于唐代广德二年（764），当时以崇仁河为界，桥南为民城（又分为东耆,西耆），桥北为官城（又名北耆），县署设在官城；明代中叶筑南,北两城城垣；清代设里制，分东耆,西耆,北耆三里；民国前期沿袭清制，1931年推保甲制，设署，巴山镇为第一；1940年撤设镇，分为桥北,桥南两镇，1944年两镇合并为巴山镇；1949年前属县一，仍分官城,民城；1949年7月改名城关镇，1952年改城关镇为城关；1953年复为巴山镇；1958年10月成立城关人民公社，辖中大,文溪,西路,桥北四个居民管理，宝水,巴山,石庄,乐丰,桥北,永胜,和平,罗枧,宝塔,文溪,小港11个大队；1961年改称巴山镇人民公社，1966年8月更名为红旗镇人民公社，1980年12月复名巴山镇人民公社；1984年6月撤社建乡，仍设巴山镇；2001年10月，撤原沙堤乡,郊西乡并入巴山镇；2010年7月，原永胜机械厂,江西第一木材厂并入巴山镇，得名后沿用至今。