朱青庄村在1958年为五三大队,1982年以境内朱青庄更名为朱青庄大队,1983年改设为朱青庄村村民委员会;北古庄村在1958年为五五大队,1982年以境内北古庄更名为北古庄大队,1983年改设为北古庄村村民委员会;胡家巷村在1981年为胡家巷大队,1983年改设为胡家巷村村民委员会。
2001年,原北古庄村与胡家巷村合并为港南村村民委员会。
2005年12月,原港南村村民委员会与朱青庄村村民委员会合并,命名为港南村村民委员会。