明,清,民国属孝感县；1949年5月孝感解放，属孝感县三汊埠管辖，1951年由三汊埠分离成立祝家湾镇，1952年为孝感县第十八，1953年改称祝站，1958年成立祝站人民公社，下辖9个管理96个大队。

1961年5月撤销祝站人民公社，恢复祝站。

1966年9月孝感县改名东风县，祝站改名为向阳，不久仍称祝站。

1975年撤并社时设立祝站人民公社。

1983年12月孝感县改县建市，祝站属孝感市，下辖9个管理改为乡。

1987年9月撤建乡，祝站一分为三：将原下辖三汊,埠镇,诸赵,草店,涂店5乡分出划归三汊镇；将闵集,下新2乡分出划到闵集乡；祝站镇保留祝站,李畈,姜窑,土门4乡成立祝站镇。

1993年孝感地撤地（孝感地）建市（孝感市），原县级孝感市分为孝南和孝昌县，祝站镇隶属孝感市孝南；2018年3月20日，祝站镇37个村,1个调整合并为14个村,2个，2019年9月3日，祝站,长河2个改置为村，沿用至今。