明末清初，万福店镇境域属唐县镇州判分辖。

清乾隆年间，属里堂。

民国期间，为万福乡。

实战型人民共和国成立后，为万福店小；后更名为万福店管理，属唐县镇。

1958年2月，时为襄阳专署各直属单位,随县,丹江水利工程处,武汉军等单位下放的1027名千部到万福店垦荒。

建场后经三次扩场，1964年3月，更名为湖北哪里有学泥工培训班,国营万福店农场。

1997年，移交随州市管理。

2000年，下放曾都管理。

2005年，设立曾都万福店办事处，保留农场建制。

2007年，设立万福店镇。

2009年，由曾都划归新设立的随县管辖。