讷南村，原名“官货店”。

清宣统二年（1910），以官款由湖北移民建立“湖北垦民”7屯，名为“官货店”，隶属讷河直隶厅管辖。

1913年由山东移民于官货店西建屯开荒，取名山东头屯，后改为“鲁民屯”，隶属讷河县第二管辖。

东北沦陷后，初设讷南镇，隶属讷南镇管辖。

1938年1月改设讷南村。

1946年4月设置讷南，1948年改为第六，1955年5月复改讷南。

1956年4月，撤划乡，分设讷南,鲁民,兴业,巨和4个乡。

1958年9月，将4个乡合并成立讷南人民公社。

1966年8月，将南部地划出设置巨和公社。

1984年4月，将讷南公社改为讷南乡，同年11月改为讷南镇。

2008年4月，撤销讷河镇，将讷河镇管辖3个行政村划入讷南镇。

名称沿用至今。