清代，属宁古塔副都统管辖。

清光绪八年（1882），设置穆棱河屯田局，驻钓鱼台“卡伦旧房”（今穆棱镇南）。

清光绪九年（1883），改设穆棱河招垦局，移驻上城子（今兴源镇）。

清光绪二十七年（1901），中东铁路通车设站，称“九站”。

此后垦民日渐增多，大批俄国人也乘机流入，设屯建宅定居，商业渐趋繁茂。

清宣统元年（1909）隶属穆棱县管辖。

1912年，属第一警察。

1922年划为第五。

1923年改设穆棱站镇。

1927年改称偏脸河镇。

1933年设穆棱站保。

1938年10月，伪穆棱县公署移驻于此，1939年1月改称穆棱街。

1946年4月，设置穆棱。

1947年1月划归南穆棱县（后改穆棱县），为县政府驻地。

1947年10月穆棱县政府移驻八面通后，设置穆棱，1949年2月改为第五。

1956年3月，撤划乡，分设穆棱镇和泉眼,河南2乡。

1958年9月，穆棱镇与泉眼,河南2乡合并成立穆棱人民公社。

1964年9月，将镇外泉眼等11个生产大队划出组建九站人民公社。

1965年6月撤销九站人民公社，并入穆棱人民公社。

1972年8月，将共和,牛心,太平,新河4个生产大队划归新组建的共和人民公社。

1980年9月，撤销穆棱人民公社，设置穆棱镇。

名称沿用至今。