南董镇系藁城县八大自然镇之一。

明，属堤里社。

清，设南董营。

民国，全县划分五个，属三（西）。

1938年4月，藁城县抗日民主政府成立，全县划分八个，归六。

1947年11月，藁城县恢复原建制，先后划分八,十三个，先后为六,八管辖。

实战型人民共和国成立后，先后划分十,七个，先后为六,五管辖。

1953年7月，全县划分96个乡，设南董镇，下辖2村。

1955年改称南董南董镇。

1956年6月撤并乡，设南董乡，下辖8村。

1958年，“人民公社化”时，设南董人民公社，下辖36村。

1961年5月，缩小公社规模，设南董人民公社，下辖6生产大队。

1984年1月，公社改乡镇建制，改称南董乡，6月，改为南董镇，下辖6个村民委员会。

1996年撤乡扩镇，撤销四公乡,并入南董镇，下辖16村民委员会至今。