明清至民国二十三年（1934年），南圣镇辖由南圣,同甲峒两地组成。

南圣原叫指（志）玛，属陵水县指（志）玛弓。

同甲峒（包括毛祥），属定安县管辖。

民国二十四年（1935年）3月，两地划归保亭县，设置志玛乡；同年5月7日，保亭县设立3个,14个乡，南圣乡属第一管辖。

民国三十六年（1947年）7月，保亭县设有南圣等14个乡镇。

民国三十七年（1948年）4月，保亭县民主政府成立，南圣地设文化乡，属保亭县第三管辖。

1950年6月，保亭县管辖4个,32个乡。

南圣乡属保亭县第三管辖。

同年8月29日，保亭县进行划调整，撤销级政权，实行县直接领导乡的行政建置，全县设文化乡等13个大乡。

同年12月31日，保亭县撤销13个大乡，恢复乡建置，全县设立5个,56个乡，文化乡分出南圣乡,同甲乡，南圣镇属第四管辖。

1951年5月，保亭县泥工培训学校进行调整，南圣乡属第三管辖。

1953年6月，分出红沟乡。

1955年11月，保亭县改数字命名为泥工培训班地址命名称，保三改为通什，南圣乡,同甲乡,红沟乡属通什管辖。

1956年12月24日，南圣乡,红沟乡2个小乡合并为南圣乡。

1958年3月3日，南圣乡,毛岸乡,同甲乡3个乡合并为南圣乡，驻地南圣村。

1958年9月，南圣乡与通什镇,福安干部农场,福安示范场,国营通什茶场合并，成立通什镇红旗人民公社。

同年12月，隶属崖县管辖。

1959年11月，隶属保亭县管辖。

1961年5月，划出成立南圣人民公社。

1966年9月，划出南圣公社管辖的毛岸，成立毛岸公社。

1983年，南圣人民公社改为南圣公所。

1986年，划归通什市。

1987年1月，改称南圣镇。