明崇祯三年（1630年），流长乡属息烽守御千户所辖地。

清顺治十五年（1658年），属敷明卫息烽千户所。

清康熙二十六年（1687年），改园修文县仁和里。

民国三年（1914年），息烽建县属贵州黔中道，设东,南，西，北,中5，下设里，里下设甲，流长属北。

民国十五年（1926年）秋，订各名称，北为六，驻地流长。

辖4保。

民国二十年（1931年）秋，保改乡镇，六辖流长镇,茶园乡,甘溪乡,草坝乡,翁伸乡,水尾乡等乡镇。

民国二十四年（1935年），撤乡建联保。

民国三十年（1941年）10月，实行新县制，撤及联保，改编乡镇，流长乡为全县10乡镇之一，乡公所驻流长。

1949年11月17日，息烽县解放。

1950年1月7日，建九庄，又称三，流长乡属九庄。

1951年2月，设黑神庙，称四，流长乡刘归黑神庙。

7保改7行政村。

1952年4月，7行政村合并为5个。

1953年，行政村改乡镇，为流长,龙井，茶园，甘溪,新场5乡，属黑神庙。

1957年4月，茶园，龙井乡并入流长乡。

1958年9月，全县乡镇合并建公社，实行政社合一，新场乡并入流长公社，下辖流长,新场两个管理，仍属黑神庙。

同年12月，实行一一社，黑神庙改称红旗公社，流长，新场为管理。

1961年3月，全县恢复公所建制，又划分为流长和新场公社。

1963年3月，全县将16公社分建为32个。

1965年7月，全县32公社合建为25个，流长，新场仍为公社属黑冲庙。

1982年9月，新场公杜更名土城坝公社。

1984年3~4月，撤销公社，恢复乡建制。

1987年8月，土城坝乡复为新场乡。

1992年，全县撤并乡建镇，原王家坪乡甘溪，龙塘2村以及新场乡全部划归流长乡。

2016年4月22日，撤销流长乡，设置流长镇。