元至元二十年（1283年），置赤溪（今司前一带）,秃罗（今塘洞一带）长官司。

明洪武二十五年（1392年），设邛水一十五洞蛮夷长官司，司治荡洞（今司前村）。

清宣统年间（1909年—1911年），邛水县丞设两，今长吉乡境属一。

民国十五年（1926年），设长吉。

民国三十年（1941年），撤建长吉乡。

1949年11月，长吉乡改建长吉。

1950年，瓦寨并入长吉，长吉辖长吉乡和瓦寨乡。

1953年，长吉迁瓦寨，改称瓦寨，烧巴,长吉,赤瓦,矮子秧4乡属瓦寨。

1957年，撤联乡，建立长吉基层委员会。

1958年，撤基层委员会建乐园公社，驻长吉，辖长吉,贵秧,烧巴,良上4管理。

1959年，撤乐园公社，其管理并入瓦寨公社。

1961年，成立长吉公社，属瓦寨。

1963年，分设长吉,烧巴,贵秧3公社。

1984年，改称长吉乡,烧巴乡,贵秧乡。

1992年，长吉,烧巴,贵秧3乡合并为新的长吉乡。

2016年4月，长吉乡撤乡设镇。