唐贞观十二年（638年），置龙源县，治今镇，隶环州。

唐天宝元年（742年），龙源县改属正平郡。

唐乾元元年（758年），龙源县复改属环州。

宋熙宁八年（1075年），龙源县并入思恩县。

民国二十二年（1933年），设有水源,上南两乡，属思恩县。

1958年，设红日公社。

次年，分设三美,隆胜,水源3个公社。

1962年，将三美,隆胜两公社合并设水源。

1965年，水源改为水源公社。

1984年，水源公社改为水源乡和上南毛南族乡。

1987年，上南毛南族乡改为上南乡。

1996年，水源乡改为水源镇。

2005年，上南乡并入水源镇。