木格镇建于明正德十五年（1520年），以当地盛产格木而得名。

清代，属于怀东里。

清末民初，设团局。

民国二十三年（1934年），设木格公所，辖木格,君子,北一,平悦乡。

1950年5月，开始实行县设，下辖乡，第十三政府设于木格，辖木格,君子,平悦乡。

1958年9月，称木格公社。

1984年7月，改称木格镇。

1984年8月31日，将陈索,平悦,黄村,早礼,黄石大队分出另设平悦乡。

2005年10月，平悦乡并入木格镇管辖。