南江口镇在周代属百越。

晋代末年属晋化县，曾为县署所在地。

在清代属罗定州西宁县太平都，置名仙平甲。

民国二年（1913年）至解放初期改称仙平乡，属郁南县第二。

民国三十五年（1946年）与上四（罗旁）,沥源（地心）合并太平乡（乡府驻地罗旁）。

民国三十七年九月（1948年9月）太平乡又按原来的三个小乡划分，恢复仙平乡。

1950年合并连滩属第四。

南江口圩初为平罗行政村的驻地。

1953年，改称平罗乡。

1957年与南渡乡合并称南江口乡。

1956年12月，原来第二（仙平乡）划分南江口,古蓬两个小乡，仍属连滩四所辖。

1958年4月，南江口,古蓬合并为南江口乡。

同年10月，该乡是东风人民公社的一个管理。

1961年10月，从东风人民公社分出成立南江口人民公社，翌年与西江人民公社合并称南江口人民公社。

1983年8月，称南江口。

1987年，建南江口镇。