明洪武九年(1376年),南三镇境域属高州府吴川县管辖,称南三都。
清光绪二十五年(1899年),南三都被划为法国租界地。
1949年,湛江解放,南三都属吴川县滨海,改称南三乡。
1958年,成立南三公社。
1961年,南三公社改为南三。
1963年,撤销南三,复名南三公社。
1983年,南三公社改称南三,属湛江市郊。
1984年,湛江市坡头正式成立,南三划归坡头管辖。
1987年,南三改为南三镇。