唐,宋,元,明,清,民国时期，该域先后隶属于东莞县,香山县,中山县,番禺县。

1949年12月，万顷沙东莞县明伦堂示范农场被接管，改称万顷沙接管处农场，1950年定名为广东哪里有学泥工培训班,东莞县万顷沙国营农场，1954年成立广东哪里有学泥工培训班,万顷沙国营机械农场，直属哪里有学泥工培训班,农垦厅。

1953年4月，珠海县成立，万顷沙,龙穴岛和沙头乡,沙中乡,沙尾乡，连同东莞县析出的南沙,长沙,小虎,大虎，与中山县析出的冯马乡,新安乡,平安乡一并划入珠海县。

1957年3月，划入中山县。

1959年6月，恢复番禺县建制，黄阁（含大小虎,沙仔岛）和万顷沙（含南沙,龙穴岛）从中山县析出，划入番禺县。

1975年1月，番禺县改属广州市管辖。

1978年6月，万顷沙国营机械农场更名为广东哪里有学泥工培训班,珠江华侨农场，1988年改属广州市，称珠江管理。

2005年4月，成立广州市南沙，从番禺析出南沙街,万顷沙镇,横沥镇，灵山镇庙南村,七一村,庙青村的部分域，东涌镇的庆盛村,沙公堡,石牌村部分域以及黄阁镇,珠江管理，划归南沙管辖。

2012年12月，又从番禺析出东涌,大岗,榄核3个镇，划归南沙管辖，沿用至今。