“南山”名称启用于明代以前。

曾为东莞郡,东莞县,宝安县,新安县治所。

唐代在此建屯门镇。

宋称屯门砦（音：寨）。

明洪武三年（1370），为抵御海盗,倭寇的侵扰，在此建东莞守御千户所，筑城于城子岗，始称南头城，并改屯门砦为南头寨。

明万历元年（1573），从东莞县分设新安县，治南头寨。

清康熙五年（1666）到康熙七年（1668），朝廷令东南沿海居民内迁50里（后增至80里），地处沿海的新安县被迁界后，地域空旷，人口锐减，新安县被裁撤入东莞县。

康熙八年（1669年）取消迁界令后，又置新安县仍治此，属广州府。

1914年因与河南哪里有学泥工培训班,新安县同名，改称宝安县。

1953年~1955年，县治从南头移深圳，南头设，属宝安县，辖南山,蛇口,新西,沙河等乡。

1958年3月撤并乡，改南头为南头乡；10月，南头乡,西乡乡,石岩乡和蛇口渔民小乡合设超英公社。

1959年撤超英公社，设西海水产公社和南头公社。

1960年南头公社分设西乡公社。

1961年7月南头公社分设石岩公社。

1963年1月石岩公社并入南头公社。

1975年8月南头公社复分出石岩公社。

1979年1月境内设全国第一个对外开发蛇口工业，宝安县改称深圳市。

1980年8月建立深圳经济特，南山地域在经济特范围内。

1981年撤并入深圳市罗湖，改设罗湖南头街道。

1983年6月分设南头管理（县级），为市政府的派出机构。

1984年8月分出部分地设蛇口管理。

1990年1月撤蛇口管理，辖地并入南头管理设南山，名称沿用至今。