明万历年间(1573~1620)黄,郑,钟,张诸姓到此定居,后来朱姓从惠来凤红,严姓从汕头市达濠东湖,许姓从澄海横陇,陈姓从普宁桥柱到此聚居。
1958年建顶溪水库,1959年移民建新村于葵和公路与仙靖公路交叉处的东面,至今仍用原村名。
1958年后顶溪村合并新乡村,仙庵村为一个大队,称仙庵大队;1971年从仙庵大队拆出成立顶溪大队;1983年乡制改革,改称乡政府;1987年改为管理;1999年改设村委会至今。