始建于秦始皇三十三年（前214），为南海郡郡治所在地。

原县境广阔，从汉代至清朝，先后直接或间接划出今珠江三角洲主要县市和香港,澳门地。

清代至民国前期，番禺和南海分东西两半管治广州城。

清代，广州城东部为番禺县捕属（意为“典史管属”）。

民国初期沿袭清末旧制。

1921年2月，广州市政厅成立。

1933年，番禺县署从广州城内迁至禺南新造，1945年又迁至市桥。

1958年1月，禺东,禺北17乡及江高镇划入广州市郊。

1958年9月，全县改称“番禺人民公社”。

1958年12月，番禺,顺德合并为番顺县。

1959年6月，番禺,顺德分别复县，同年7月，中山县的大岗镇公社和大岗公社,万顷沙公社及珠江华侨农场划归番禺。

1983年12月，番禺人民公社改为番禺（番禺名称首次出现）。

1992年5月撤县改市（县级）。

2000年5月撤市设。

2005年4月，从番禺析出南沙街道,万顷沙镇,横沥镇,黄阁镇以及灵山镇的庙南村,七一村和庙青村,东涌镇庆盛村,沙公堡村,石排村，设立南沙。

2012年9月，番禺东涌,大岗,榄核3个镇划归南沙。