东源县地域为原河源县主体。

南朝齐永明元年（483）从龙川析置河源，属南海郡。

唐肃宗乾元元年（758）属循州。

宋太祖开宝四年（971），属祯州。

明太祖洪武元年（1368），属惠州府。

清属惠州府。

1925年属东江行泥工培训技术学校。

1949年属东江专。

1953年属粤东行泥工培训技术学校。

1956年属惠阳专。

1959年属韶关专。

1963年至1987年属惠阳地。

1988年1月，经国务院批准，撤销河源县，设立河源市，原河源县分设河源市源城和河源市郊。

1993年11月8日，撤销河源市郊，设立东源县。