自秦始皇三十三年（前214年）设置番禺县后，钟落潭一直属番禺县管辖。

清代，钟落潭地属慕德里司流溪都赤迳堡管辖。

民国时，钟落潭为番禺县第七所在地。

实战型人民共和国后，钟落潭先属禺北办事处管辖，后为番禺县第八。

1958年1月，禺北地划归广州市，成为广州郊的一部分。

1958年8月，成立钟落潭人民公社。

1987年，改为钟落潭镇。

2004年6月，因白云镇级泥工培训学校调整，新钟落潭镇由原钟落潭,竹料,良田,九佛四镇合并而成。

2005年4月，因广州市泥工培训学校再次调整，原九佛镇被划入新成立的萝岗，现在的钟落潭镇范围主要由原钟落潭,竹料,良田三镇组成。