元代时期，赛什斯镇境域属庄浪县。

明代时期，庄浪县改庄浪卫。

清乾隆十八年(1753年)，庄浪茶马同知管辖。

民国元年（1912年）后，由平番县管辖，属甘凉道。

民国三年（1914年），属庄浪茶马理番同知。

民国二十五（1936年），属永登县连城镇。

1949年10月，为永登县赛什斯藏族乡,古城乡。

1956年12月，划归天祝藏族自治县，属莫科。

1958年12月，为古城公社的古城大队,克岔大队和土城牧场。

1962年7月，为古城,野狐川,克岔,大滩公社和土城牧场，属古城。

1968年10月，为卫东公社,永红公社和卫东牧场。

1971年8月，为古城公社,土城牧场。

1983年5月，撤销公社，设大滩,古城,赛什斯,土城乡，属莫科。

1985年10月，大滩,古城,赛什斯乡及土城牧场合并为赛什斯乡。

2002年8月，撤乡建赛什斯镇。