琴亭村的建制沿着时代发展不断变革，唐时隶属于闽县。

宋,元至明代中叶属怀安县。

明代下叶和清代归属侯官县。

清末，属侯官县西园。

民国时期，属闽侯（林森）县五（新店）。

实战型人民共和国成立后，1949年12月属福州市洪山。

1952年底属新店。

1955年5月属战坂乡。

1958年9月属新店人民公社。

1960年3月重建新店,改为胜利生产队。

1969年11月公所改为公社战坂大队胜利生产队。

1970年2月属红卫(鼓楼)战坂大队胜利生产队。

1975年5月属福州郊磐石大队琴亭生产队。

1982年8月复归福州郊磐石大队琴亭生产队。

1984年9月废社建乡为新店乡琴亭村委会。

1992年至今属新店镇。

琴亭村委会设在东浦路村中段位置。