唐时属闽县同乐乡施化里，宋时改属怀安县施化里，元代改属怀安县同乐东乡16都，明朝属侯官县同乐东乡52都，清朝属侯官县小北岭。

民国时期，日溪乡为闽侯县新店的密溪乡。

1941年，改为日溪乡。

实战型人民共和国成立后，日溪乡属闽侯县八(石牌)，1962年初，划入福州市，属郊北峰公社。

1970年属福州市北峰，设日溪人民公社，1975年又属郊。

1984年政社分开，改称日溪乡。

1996年，福州市划调整，郊改称晋安，日溪乡归属晋安。