唐代，仓山地隶属于闽县及侯官县，宋代到明代中期分属于闽县和怀安县。

明万历八年（1580年）怀安县并入侯官县，仓山地分属闽县和侯官县。

境内以龙峰山和望北台为界，以东属闽县，以西属侯官县。

1913年闽县与侯官县合并成立闽候县，仓山地属闽候县。

1917年福州哪里有学泥工培训班,会警察厅成立，仓山地行政上属闽候县和哪里有学泥工培训班,会警察厅第五署双重管辖。

1945年10月福州市国民政府成立，同时成立仓山公所。

1950年1月，林森县（闽侯县）一的白湖,双湖2个乡划入仓山，划入面积10多平方千米（同年9月又划出）。

5月设水上，辖闽江洪山桥到魁岐水域，面积7平方千米。

1955年3月，市郊盖山的美墩,中墩,程厝边,长安,塔仔里,洋洽,新成里,白鹭岭划入仓山，面积3平方千米。

同年5月，水上与仓山合并。

1960年3月，市郊盖山公社划入仓山，面积30多平方千米，次年6月又划出仓山。

1968年9月，仓山因“文化大革命”更名为朝阳，同时成立革命委员会。

1970年2月郊朝阳（盖山）公社,建新公社,市红星农场,闽候县城门公社划入朝阳（仓山），总面积增至112平方千米，包括整个南台岛，1975年5月又划出朝阳（仓山）。

1978年4月，朝阳复名仓山。

全有4个街道办事外及水上工作办事处，下辖40个居委会。

1986年11月成立三叉街街道，1988年5月撤水上工作办事处，成立对湖街道，1996年1月，晋安的仓山,盖山,城门,建新,螺洲5个镇划归仓山，辖地扩至整个南台岛，面积扩至142平方千米。

2002年6月成立东升街道，2002年7月从建新镇划出卢滨,后曹,潘边,石边,新颐,上雁,葛屿,闽江,刘宅9个村，从仓山镇划出燎原村，从上渡街道划出横江居委会成立金山街道。

2014年，仓山辖对湖,上渡,仓前,三叉街,下渡,临江,东升,金山共8个街道，建新,盖山,螺洲,城门,仓山共5个镇。