民国二十九年（1940年），十三陵地属昌延联合县第三。

民国三十四年（1945年），十三陵地属昌平县一,二。

民国三十七年（1948年），十三陵地属昌顺县第一。

1949年4月，十三陵地分属昌平县一,二。

1950年3月，十三陵地属一,九。

1953年7月，十三陵地建辖乡。

1956年3月，撤并乡，称长陵乡。

1958年8月，为十三陵人民公社，驻长陵村，乡改为工作站。

1959年7月，十三陵地建十三陵农场，属北京市农场局，驻北新村。

10月，十三陵农场,长陵工作站,黑山寨工作站合并成立十三陵人民公社（农场），驻长陵村。

1961年5月，十三陵地建泰陵园,长陵和泰陵3公社。

1963年2月，泰陵园人民公社与十三陵农场合并为十三陵人民公社（农场），驻胡庄。

1966年5月，泰陵公社并入长陵公社。

1982年12月，长陵公社改乡。

1997年12月，长陵乡改镇。

1998年9月，十三陵农场划归昌平县，改十三陵乡。

1999年12月，十三陵乡改镇。

2011年9月，长陵镇22个村并入，形成现今辖。