清河街道前身为颍南镇；1996年3月，设立清河街道办事处，属颍州管辖。

同时将原泉河乡的文峰,二里井,莲花,谷堆,七里河5个村委会和文峰一村,文峰二村,二里井新村,桃园4个居委会及中市街道办事处的颍西居委会划归清河街道管理。

10月设立文峰街道办事处时，将文峰一村,文峰二村,二里井新村,桃园,颍西5个居委会和文峰,二里井,莲花,谷堆,七里河5个村委会划归文峰街道管辖。

1997年7月，从清河街道划出七里铺,陈庄,申寨,邢集,田庄,黄庄,张桥7个行政村，归阜阳市经济开发管辖。

2003年9月，原清河村改建为清河，原东清村改建为奎星苑,三里岗,中清。

2006年12月，又划出苗庄,洪郢,九里3个行政村及六里行政村的一部分归阜阳市经济技术开发管辖。

2007年12月，划出桥口,七里铺,张桥,陈庄,南三角,黄庄,新阳,邢集,申寨,田庄10个行政村归新成立的京九路街道办事处。

并且原贾庄村,西清村,六里村分别改建为贾庄,西清,万霖。

2008年3月，原清河划分为清河和双清，此时清河街道辖清河,双清,奎星苑,三里岗,中清,贾庄,西清,万霖和沿河,十里井村。

2015年12月将颍西街道八里,卜子，京九路街道唐营,九里,洪郢,张大营村,肖营村等5个和2个村划归清河街道。

2016年4月将清河,双清,奎星,三里岗,中清,沿河,十里井全部和贾庄,万霖,西清部分划转到文峰街道和鼓楼街道管辖。

截至2021年末辖西清,唐营,苗庄,九里,洪郢,万霖,八里,卜子和张大营,肖营10个。