1948年设马寨乡；1958年10月属大田人民公社；1961年1月成立马寨人民公社；1969年撤并社，成立马寨大公社；1979年10月设欧庙,马寨两个公社，属华佗管辖；1983年3月恢复马寨乡；1992年2月撤并乡时仍设马寨乡，属阜阳市；1996年1月阜阳撤地设市属颍州。

2006年10月，马寨乡辖有朱大庄村,何庄村,宋庄村,宋寨村,马老郢村,申郢村,皮楼村,蔡竹园村,庙东村,大姚村,姚楼村,前孟村,姚老家村,寺西村,欧庙村,园里村,张小庄村,姚寨村,大牛村等19个村和1个马寨居委会。

2018年末，辖马寨居委会和朱大庄村,宋寨村,申郢村,皮楼村,庙东村,姚楼村,姚老家村,欧庙村,张小庄村等9个村。