建国初期为山斗芳干村；1953年为黄村乡芳干村；1958年实行公社制，隶属东风公社黄村生产大队；1961年改置为芳干大队，隶属黄村公社；1981年黄村公社更名为东洲公社，芳干大队隶属东洲公社；1983年4月，公社改乡，大队改村，置东洲乡，改设芳干村；1992年撤并乡，芳干村随东洲乡并入洪里乡；2004年乡镇划调整，芳干村随洪里乡并入商山乡；2008年岭后村并入芳干村，隶属商山乡；2010年3月，商山乡改镇建制，芳干村隶属商山镇至今。