汉代时期，属益州郡弄栋县。

蜀汉时期，属云南郡蜻蛉县。

东晋,南宋，属建都郡。

唐代时期，属縻州都督府磨豫县。

大理政权时期，先为环州，后改环州为华竹部，属华竹部。

元代时期，置元谋县，同置马街集市。

清初时期，县以下行政机构设马，属月法车马。

清乾隆年间（1736年—1796年），改马设乡，属乌山前半乡一,二,三,四甲。

民国十九年（1930年），改乡为，属元谋县第一，合原未改前之乌山前半乡一,二,三,四甲为一镇，称马街镇。

民国二十九年（1940年），马街镇改名元马镇，升格为乡级行政单位。

民国三十三年（1944年）1月，华竹乡并入元马镇。

1950年1月19日，元谋县城解放，随即成立人民政府，元马镇属级单位。

1958年8月，成立红旗公社，元马镇并入红旗公社。

1962年，恢复元马镇。

2006年，能禹镇并入元马镇。